Tak jako ve většině tropických zemích se i v Kostarice střídají dvě období. Období sucha a období dešťů. Období sucha trvá od prosince do dubna a nazývá se "Verano"(léto). Zbytek roku je období dešťů a nazývá se "Invierno"(zima). Karibské pobřeží mívá velké množství srážek během celého roku a je mnohem vlhčí než západní pobřeží. Na náhorních plošinách je období sucha opravdu suché, v průměru jen se dvěma deštivými dny za měsíc. Avšak naproti tomu v období dešťů může vydatně pršet i dvacet dní v kuse. V severní a střední části pacifického pobřeží je to s deštěm podobné jako na náhorních plošinách. V jižní části pacifického pobřeží u zálivu Golfo Dulce je však klima velmi vlhké. Západní pobřeží má množství srážek ročně okolo 2 000 - 2 500 mm oproti východnímu pobřeží, kde se množství srážek pohybuje od 3 000 - 4 000 mm ročně. Na náhorních plošinách spadne ročně méně než 2 000 mm srážek.

   Teploty jsou během celého roku poměrně konstantní a nejdůležitější faktor, který je ovlivňuje, představuje nadmořská výška. V San José, s nadmořskou výškou 1150 m, panuje počasí, kterému místní říkají "věčné jaro". Nejnižší teploty jsou zde 15°C a nejvyšší dosahují okolo příjemných 26°C. Počasí na pobřežích je mnohem teplejší - karibské pobřeží má průměrné teploty 21°C v noci a přes 30°C ve dne a pacifické pobřeží je ještě o 2 až 3°C teplejší. Průměrné teploty ve výšce kolem 3000 metrů. nad mořem se pohybují okolo 10°C.